بېجينګ پوهنتون په ١٨٩٨ کال کی جوړ شوی چې د چين لومړی دولتی پوهنتون و او په هغه وخت کی د چين لوړه تعليمی اداره هم ګڼل کېده.
د چين د نوی کلتوری غورځنګ د مرکز او د مې د څلورمې نېټې د غورځنګ د سرچينې ځای، د مارکيزم او د ديموکراتيکو او علمی مفکوری د تبليغاتو د لومړی ځای او د چين د کمونست ګوند د فعاليتونو د لومړی مرکز په توګه، بېجينګ پوهنتون د چينی ملت د ازادولو، د هېواد د ابادۍ او د ټولنې د پرمختګ لپاره ستر خدمتونه کړی او د چين د عصری کېدو په بهير کی يی مهم رول لوبولی دی. له هېواد سره مينه لرل، پرمختګ ، ديموکراسی او د علم دوديزی روحيې او د زده کړی د زيار ايستلو خوی او عادت دلته نسل په نسل پاتی شوی دی.
په ١٩١٧ کال کی مشهور پوه او انقلابيون څای يوان پی د بېجينګ پوهنتون د مشر په توګه وټاکل شو او ډېر اصلاحات يی رامنځته کړل چې هغه وخت بېجينګ پوهنتون د چټک پرمختګ په حال کی و. پر څای يوان پی سربيره، د چن دو شيو، لی دا جاو او ماو ځه دونګ په شمول يو شمېر وتليو کسانو په دغه پوهنتون کی کار وکړ او يا يی د ښوونکيو په توګه دنده تر سره کړې.
په ١٩٣٧ کال کی د لو ګو پل له پېښې وروسته، له جګړې څخه د ليری کولو لپاره د بېجينګ پوهنتون ، چينګ هوا پوهنتون او نان قای پوهنتون د هو نان ولايت د چانګ شه ښار ته وسپارل شول او په ګډه يی د چانګ شه موقتی پوهنتون جوړ کړ.
د ١٩٣٨ کال په پيل کی دغه موقتی پوهنتون د کون مينګ ښار ته وسپارل شو او جنوب لوېديځ ګډ دولتی پوهنتون ونومېد. د جاپان د تيرۍ پر ضد په جګړه کی تر برياليتوب وروسته بېجينګ پوهنتون بېجينګ ته بېرته راغی او د ١٩٤٦ کال په اکتوبر کی يی تعليمی چاری په رسمی توګه اعاده شوې.
د چين د ولسی جمهوريت له جوړېدو وروسته، بېجينګ پوهنتون د بنسټيزو معلوماتو او څېړنو په شمول يو عمومی پوهنتون وګرځېد او د هېواد لپاره يی ډېر وتلی شخصيتونه روزلی دی. د يوې شمېرنې له مخې، د چين په دوو علمی اکاډميو کی څه نا څه څلور سوه غړی له بېجينګ پوهنتون څخه فارغ شوی زده کوونکی او يا د دغه پوهنتون ښوونکی دي چی په علمی څېړنو کی يې ډېر برياليتوبونه يی تر لاسه کړی دی.
د چين د اصلاحاتو او ورخلاصون د تګلاری په رڼا کی بېجينګ پوهنتون د پرمختګ يوې نوی مرحلې ته ورسيد او د هېواد د ابادولو پلان د پلی کولو په هکله له دوو عمده پوهنتونونو څخه عبارت دی.
د ١٩٩٨ کال د مې څلورمه نېټه د بېجينګ پوهنتون د جوړېدو د سلمې کاليزې سره برابر وه. د چين د دولت پخوانی رئيس جيانګ ځه مين د نمانځنې په غونډه کی وينا وکړه او د نړۍ د لومړنی کچې د پوهنتون په توګه د بېجينګ پوهنتون د ابادۍ په اړه يی غوښتنه وکړه. نو د حکومت تر ملاتړ لاندی د بېجينګ پوهنتون په تاريخ کی يوه نوی پاڼه واړوله شوه.
د ٢٠٠٠ کال د اپريل په دريمه نېټه بېجينګ پوهنتون د بېجينګ د طبی پوهنتون سره يو ځای شو.